蛋白質資料庫:修订间差异
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2023年6月8日 (四) 18:40的最新版本
内容 | |
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相關信息 | |
访问入口 | |
数据格式 | PDB |
网站 | |
工具 | |
其他 |
蛋白質資料庫(Protein Data Bank,简称PDB)是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上,还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库,例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。這些資料和數據一般是世界各地的结构生物学家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得,並釋放到公有領域供公众免費使用。
歷史
[编辑]PDB的历史可以追溯到1971年,当时布鲁克黑文国家实验室的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库。1973年Hamilton去世后,Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月,以色列魏茨曼科學研究學院的Joel Sussman被任命为PDB负责人。在1998年10月,PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB),并与1999年6月移交完毕,新的负责人是罗格斯大学(Rutgers大学)(RCSB成员)的Helen M. Berman。2003年,PDB作为wwPDB的核心,成为了一个国际性组织。同时,wwPDB的其他成员,包括PDBe(歐洲)、RCSB(美國)、PDBj(日本)也为PDB提供了数据积累、处理和发布的中心。BMRB 於2006年加入[1]。值得一提的是,虽然PDB的数据是由世界各地的科学家提交的,但每条提交的数据都会经过wwPDB工作人员的审核与注解,并检验数据是否合理。PDB及其提供的软件现在对公众免费开放。
內容
[编辑]PDB數據庫每週更新(UTC+0 星期三)。 同樣,PDB館藏列表[2]也每週更新一次。 截至截至2017年3月14日[update],現有統計信息如下:
實驗 方法 |
蛋白质 | 核酸 | 蛋白质/核酸 複合物 |
其他 | 總數 |
---|---|---|---|---|---|
X射线晶体学 | 106595 | 1820 | 5471 | 4 | 113890 |
核磁共振 | 10296 | 1190 | 241 | 8 | 11735 |
电子显微镜 | 1021 | 30 | 367 | 0 | 1418 |
混合 | 99 | 3 | 2 | 1 | 105 |
其他 | 181 | 4 | 6 | 13 | 204 |
總數: | 118192 | 3047 | 6087 | 26 | 127352 |
- PDB中的103,514個結構具有结构因子文件。
- 9,057個結構具有NMR約束文件。
- PDB中的2,826個結構具有化學位移文件。
- PDB中的1,403個結構在EM Data Bank中存有3DEM地圖文件
這些數據表明大多數結構是由X射線衍射確定的,但是現在約10%的結構由蛋白質NMR確定。 當使用X射線衍射時,獲得蛋白質原子坐標的近似值,而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值。 因此,在後一種情況下,通過求解距離幾何問題來獲得蛋白質的最終構象。 一些蛋白質由低溫電子顯微鏡確定。 (單擊原始表中的數字將顯示由該方法確定的結構示例。)
上述結構因子文件的意義在於,對於具有結構文件的由X射線衍射確定的PDB結構,可以查看電子密度圖。 這些結構的數據存儲在“電子密度服務器”上[3][4] 。
過去,PDB的結構數量以近似指數的速度增長,通過了1982年的100個註冊結構里程碑,1993年的1,000個,1999年的10,000個,以及2014年的100,000個[5][6]。然而,自2007年以來,新蛋白質結構的積累速率似乎已經趨於穩定。
以下为PDB成员网站
[编辑]参见
[编辑]參考文獻
[编辑]- ^ BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02]. (原始内容存档于2020-10-20).
- ^ PDB Current Holdings Breakdown. RCSB. [2018-04-22]. (原始内容存档于2007-07-04).
- ^ The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06]. (原始内容存档于2021-03-21).
- ^ Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777. doi:10.1107/S0907444904013253.
- ^ Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514. doi:10.1038/509260a.
- ^ Content Growth Report. RCSB PDB. [2013-04-06]. (原始内容存档于2007-04-28).
外部链接
[编辑]- (英文)PDB的官方网站(总站) (页面存档备份,存于互联网档案馆),區域網站(下)
- (英文)The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)— parent site to regional hosts (below)
- wwPDB Documentation (页面存档备份,存于互联网档案馆) — documentation on both the PDB and PDBML file formats
- (英文)Looking at Structures (页面存档备份,存于互联网档案馆) — The RCSB's introduction to crystallography
- (英文)PDBsum Home Page (页面存档备份,存于互联网档案馆) — Extracts data from other databases about PDB structures.
- (英文)Nucleic Acid Database, NDB (页面存档备份,存于互联网档案馆) — a PDB mirror especially for searching for nucleic acids
- (英文)Introductory PDB tutorial sponsored by PDB
- (英文)PDBe: Quick Tour on EBI Train OnLine (页面存档备份,存于互联网档案馆)
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