تعديل «الشبكات البيولوجية»
المظهر
تأكَّد عند تحرير أي مقالة من أن المحتوى موسوعي ومدعوم بمصادر موثوق بها يمكن التحقق منها. لا تنسخ المحتوى من مصادر محمية بحقوق التأليف والنشر؛ لأنَّ هذا ينتهك سياسة ويكيبيديا ويُعرِّض ما أضفته للحذف.
يمكن استرجاع التعديل. تحقق من المقارنة بالأسفل للتأكد من أن هذا هو ما تريد أن تفعله، ثم قم بنشر التغييرات بالأسفل للانتهاء من استرجاع التعديل.
النسخة الحالية | نصك | ||
سطر 1: | سطر 1: | ||
'''الشبكة البيولوجية''' هي أي شبكة تنطبق على الأنظمة البيولوجية. الشبكة هي أي نظام به وحدات فرعية مرتبطة بكامل، مثل وحدات الأنواع المرتبطة ب[[شبكة غذائية]] كاملة. توفر الشبكات البيولوجية [[نظرية البيان|تمثيلًا رياضيًا]] للوصلات الموجودة في الدراسات البيئية والتطورية [[علم وظائف الأعضاء|والفسيولوجية]]، مثل [[الشبكة العصبية|الشبكات العصبية]].<ref name="Proulx05">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير1=Proulx | الأول1=S. R. | الأخير2=Promislow | الأول2=D. E. L. | الأخير3=Phillips | الأول3=P. C. | عنوان=Network thinking in ecology and evolution | صحيفة=Trends in Ecology and Evolution | المجلد=20 | العدد=6 | صفحات=345–353 | سنة=2005 | doi=10.1016/j.tree.2005.04.004 | مسار=http://eeb19.biosci.arizona.edu/Faculty/Dornhaus/courses/materials/papers/Proulx%20Promislow%20Phillips%20networks%20ecol%20evol.pdf | pmid=16701391 | حالة المسار=dead | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20110815122330/http://eeb19.biosci.arizona.edu/Faculty/Dornhaus/courses/materials/papers/Proulx%20Promislow%20Phillips%20networks%20ecol%20evol.pdf | تاريخ أرشيف=2011-08-15 }}</ref> أدى تحليل الشبكات البيولوجية في صحة الإنسان والمرض إلى ظهور مجال بحثي يسمى طب الشبكة.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير1 = Barabási | الأول1 = A. L. | الأخير2 = Gulbahce | الأول2 = N. | الأخير3 = Loscalzo | الأول3 = J. | سنة = 2011 | عنوان = Network medicine: a network-based approach to human disease | صحيفة = Nature Reviews Genetics | المجلد = 12 | العدد = 1| صفحات = 56–68 | doi=10.1038/nrg2918 | pmid=21164525 | pmc=3140052}}</ref><ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير1=Habibi|الأول1=Iman|الأخير2=Emamian|الأول2=Effat S.|الأخير3=Abdi|الأول3=Ali|تاريخ=2014-10-07|عنوان=Advanced Fault Diagnosis Methods in Molecular Networks|صحيفة=PLOS ONE|المجلد=9|العدد=10|صفحات=e108830|doi=10.1371/journal.pone.0108830|issn=1932-6203|pmc=4188586|pmid=25290670|bibcode=2014PLoSO...9j8830H}}</ref> |
'''الشبكة البيولوجية''' هي أي شبكة تنطبق على الأنظمة البيولوجية. الشبكة هي أي نظام به وحدات فرعية مرتبطة بكامل، مثل وحدات الأنواع المرتبطة ب[[شبكة غذائية]] كاملة. توفر الشبكات البيولوجية [[نظرية البيان|تمثيلًا رياضيًا]] للوصلات الموجودة في الدراسات البيئية والتطورية [[علم وظائف الأعضاء|والفسيولوجية]]، مثل [[الشبكة العصبية|الشبكات العصبية]].<ref name="Proulx05">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير1=Proulx | الأول1=S. R. | الأخير2=Promislow | الأول2=D. E. L. | الأخير3=Phillips | الأول3=P. C. | عنوان=Network thinking in ecology and evolution | صحيفة=Trends in Ecology and Evolution | المجلد=20 | العدد=6 | صفحات=345–353 | سنة=2005 | doi=10.1016/j.tree.2005.04.004 | مسار=http://eeb19.biosci.arizona.edu/Faculty/Dornhaus/courses/materials/papers/Proulx%20Promislow%20Phillips%20networks%20ecol%20evol.pdf | pmid=16701391 | حالة المسار=dead | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20110815122330/http://eeb19.biosci.arizona.edu/Faculty/Dornhaus/courses/materials/papers/Proulx%20Promislow%20Phillips%20networks%20ecol%20evol.pdf | تاريخ أرشيف=2011-08-15 }}</ref> أدى تحليل الشبكات البيولوجية في صحة الإنسان والمرض إلى ظهور مجال بحثي يسمى طب الشبكة.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير1 = Barabási | الأول1 = A. L. | الأخير2 = Gulbahce | الأول2 = N. | الأخير3 = Loscalzo | الأول3 = J. | سنة = 2011 | عنوان = Network medicine: a network-based approach to human disease | صحيفة = Nature Reviews Genetics | المجلد = 12 | العدد = 1| صفحات = 56–68 | doi=10.1038/nrg2918 | pmid=21164525 | pmc=3140052}}</ref><ref>{{استشهاد بدورية محكمة|الأخير1=Habibi|الأول1=Iman|الأخير2=Emamian|الأول2=Effat S.|الأخير3=Abdi|الأول3=Ali|تاريخ=2014-10-07|عنوان=Advanced Fault Diagnosis Methods in Molecular Networks|صحيفة=PLOS ONE|المجلد=9|العدد=10|صفحات=e108830|doi=10.1371/journal.pone.0108830|issn=1932-6203|pmc=4188586|pmid=25290670|bibcode=2014PLoSO...9j8830H}}</ref> |
||
== بيولوجيا الشبكة والمعلومات الحيوية == |
== بيولوجيا الشبكة والمعلومات الحيوية == |
||
ويمكن تمثيل النظم البيولوجية المعقدة وتحليلها باعتبارها شبكات قابلة للحوسبة. مثلا، يمكن تصميم النظم الإيكولوجية على شكل شبكات من الأنواع المتفاعلة أو بروتين يمكن نمذجته كشبكة من [[ |
ويمكن تمثيل النظم البيولوجية المعقدة وتحليلها باعتبارها شبكات قابلة للحوسبة. مثلا، يمكن تصميم النظم الإيكولوجية على شكل شبكات من الأنواع المتفاعلة أو بروتين يمكن نمذجته كشبكة من [[الأحماض الأمينية]]. كسر البروتين إلى أبعد، يمكن تمثيل الأحماض الأمينية كشبكة من [[الذرات]] المتصلة، مثل [[الكربون]] و[[النيتروجين]] و[[الأكسجين]]. [[العقد]] و[[الحواف]] هي المكونات الأساسية للشبكة. تمثل العقد وحدات في الشبكة، بينما تمثل الحواف التفاعلات بين الوحدات. يمكن أن تمثل العقد مجموعة واسعة من الوحدات البيولوجية، من الكائنات الحية الفردية إلى الخلايا العصبية الفردية في الدماغ. اثنين من الخصائص الهامة للشبكة هي [[درجة|الدرجة العلمية]] و[[البينية المركزية]]. الدرجة العلمية (أو الاتصال، وهو استخدام مميز من ذلك المستخدم في [[نظرية الرسم البياني]]) هو عدد الحواف التي تربط عقدة، في حين أن البعد هو قياس لمدى مركزية العقدة في الشبكة. <ref>{{استشهاد بدورية محكمة|مسار= https://books.openedition.org/pum/10534|عنوان=Les meurtriers sexuels|تاريخ=2005|DOI=10.4000/books.pum.10534|محرر1-الأول=Jean|محرر1-الأخير=Proulx|محرر2-الأول=Maurice|محرر2-الأخير=Cusson|محرر3-الأول=Eric|محرر3-الأخير=Beauregard|محرر4-الأول=Alexandre|محرر4-الأخير=Nicole|مسار أرشيف= https://web.archive.org/web/20191211143737/http://books.openedition.org/pum/10534|تاريخ أرشيف=2019-12-11}}</ref> تعمل النقاط ذات الاتزان العالي بشكل أساسي كجسور بين أجزاء مختلفة من الشبكة (بمعنى أن التفاعلات يجب أن تمر عبر هذه العقدة للوصول إلى أجزاء أخرى من الشبكة). في الشبكات الاجتماعية، قد تلعب العقد ذات الدرجة العالية أو البعد العالي دورًا مهمًا في التركيب العام للشبكة |
||
في وقت مبكر من الثمانينيات (1980)، بدأ الباحثون في مشاهدة [[ |
في وقت مبكر من الثمانينيات (1980)، بدأ الباحثون في مشاهدة [[الحمض النووي]] أو [[الجينوم]] كمخزن ديناميكي لنظام اللغة مع حالات محددة دقيقة ممثلة . <ref>{{استشهاد بكتاب|مسار= https://www.worldcat.org/title/nur-von-ferne-spiegeln-blue-hydrangeas-in-mrs-dalloway/oclc/28393020|عنوان="Nur von ferne spiegeln" : blue hydrangeas in Mrs. Dalloway|تاريخ=1993|OCLC=28393020|الأخير=Damion.|الأول=Searls,|مسار أرشيف= https://web.archive.org/web/20191211143811/http://worldcat.org/oclc/28393020|تاريخ أرشيف=2019-12-11}}</ref>اقترحت الأبحاث الحديثة للأنظمة المعقدة أيضًا بعض القواسم المشتركة بعيدة المدى في تنظيم المعلومات في مشاكل من [[علم الأحياء]] و[[علم الحاسوب|علوم الكمبيوتر]] و[[الفيزياء]] ، مثل مكثف بوز-آينشتاين.<ref>{{استشهاد بدورية محكمة|مسار= https://hkvalidate.perfdrive.com/?ssa=cb6a0e0e-72ca-46ed-8c31-7d4d9e50f12a&ssb=81473278035&ssc=https%3A%2F%2Fiopscience.iop.org%2Farticle%2F10.1209%2Fepl%2Fi2001-00260-6&ssi=d3bd9501-8427-413d-a038-ff1302576b0d&ssk=support@shieldsquare.com&ssm=22111625399182735105116690036673&ssn=371f32f431f70fe8051dbe5f36b7175643c4b704cfec-060c-40ee-821343&sso=f1c22d39-c2f1e41528bbdd0ccb3cac6c6f4257c999392db07eefb63f&ssp=31705349531611338851161138894190907&ssq=67720143683904275210736839995248832005386&ssr=MTg1LjE1LjU2LjE=&sst=Mozilla/5.0%20(Macintosh;%20Intel%20Mac%20OS%20X%2010_9_2)%20AppleWebKit/537.36%20(KHTML,%20like%20Gecko)%20Chrome/34.0.1847.131%20Safari/537.36&ssv=&ssw=|عنوان=Competition and multiscaling in evolving networks|تاريخ=2001-05|صحيفة=Europhysics Letters (EPL)|العدد=4|DOI=10.1209/epl/i2001-00260-6|المجلد=54|صفحات=436–442|issn=0295-5075|الأخير=Bianconi|الأول=G|الأول2=A.-L|الأخير2=Barabási|مسار أرشيف= https://web.archive.org/web/20200529232449/https://hkvalidate.perfdrive.com/captcha?ssa=b53ce7c4-daca-4ee0-9d43-9caec0185e9a&ssb=ap1feb1hazh6phmi6mehidam1&ssc=https%3A%2F%2Fiopscience.iop.org%2Farticle%2F10.1209%2Fepl%2Fi2001-00260-6&ssd=318535373183392&sse=cljilecjcjfchoa&ssf=52282a1b6f3f1d211ee22e880c1ab16743cee8b6&ssg=c8f30d68-c521-4575-8266-18bfc35a6162&ssh=47b33393-1382-4a9b-bfc4-38e59d826030&ssi=1fe1839f-8427-4690-baa0-e9721bef9158&ssj=29050609-7a3b-4e98-aa5c-24fcc186f29b&ssk=support@shieldsquare.com&ssl=943124504905&ssm=39266846414594013102277793074402&ssn=4d94a91fdbeec8af0f8be37f4a35b865cbf2be15257c-3a83-48c9-945a13&sso=997bcd61-b35337270c70ccbf83de5d43474302aca09e6a9aefff1ae4&ssp=45147292321590791992159073973293813&ssq=48176449468889868364994688513591276564484&ssr=MjA3LjI0MS4yMzMuMTIx&sss=Mozilla/4.0%20(compatible;%20MSIE%208.0;%20Windows%20NT%206.1)%20Gecko/20100101%20Firefox/39.0&sst=Mozilla/5.0%20(Windows%20NT%2010.0;%20Win64;%20x64)%20AppleWebKit/537.36%20(KHTML,%20like%20Gecko)%20Chrome/74.0.3729.169%20Safari/537.36&ssu=Mozilla/5.0%20(compatible;%20Yahoo!%20Slurp;%20http://help.yahoo.com/help/us/ysearch/slurp)&ssv=mtv2sspv@94vpvo&ssw=&ssx=733572036030603&ssy=amm@ganmidpcmnlboggaci@jjclgnaa@o@ilnofg&ssz=5863801fd8180c6|تاريخ أرشيف=2019-12-11}}</ref> |
||
لقد حولت المعلوماتية الحيوية تركيزها بشكل متزايد من [[جين|الجينات]] الفردية، و[[ |
لقد حولت المعلوماتية الحيوية تركيزها بشكل متزايد من [[جين|الجينات]] الفردية، و[[البروتينات]] ، وخوارزميات البحث إلى شبكات ذات نطاق واسع غالبا ما تدل على التحليل النطاقي مثل biome و interactome و genome و proteome. |
||
كشفت هذه الدراسات النظرية أن الشبكات البيولوجية تشارك في العديد من المميزات مع الشبكات الأخرى مثل [[ |
كشفت هذه الدراسات النظرية أن الشبكات البيولوجية تشارك في العديد من المميزات مع الشبكات الأخرى مثل [[الإنترنت]] أو [[شبكة اجتماعية|الشبكات الاجتماعية]] . |
||
== الشبكات في علم الاحياء == |
== الشبكات في علم الاحياء == |
||
=== شبكات التفاعل بروتين - بروتين === |
=== شبكات التفاعل بروتين - بروتين === |
||
سطر 21: | سطر 21: | ||
المقال الرئيسي: شبكة التنظيم الجيني |
المقال الرئيسي: شبكة التنظيم الجيني |
||
ينظم نشاط الجينات بعوامل النسخ والبروتينات التي ترتبط عادة بالحمض النووي. ترتبط معظم عوامل النسخ بمواقع ربط متعددة في [[ |
ينظم نشاط الجينات بعوامل النسخ والبروتينات التي ترتبط عادة بالحمض النووي. ترتبط معظم عوامل النسخ بمواقع ربط متعددة في [[الجينوم]]. ولذلك، تحتوي جميع الخلايا على شبكات تنظيمية جينية معقدة. مثلا، يشفر [[الجينوم البشري]] بترتيب 1400 عامل نسخ ربط [[الحمض النووي]] الذي ينظم التعبير عن أكثر من 20,000 جينة بشرية. <ref>{{استشهاد ويب |
||
| مسار = https://elifesciences.org/articles/18296/figures#SD5-data |
| مسار = https://elifesciences.org/articles/18296/figures#SD5-data |
||
| عنوان = Supplementary file 1. Previous proteomic studies of HIV-infected cells. |
| عنوان = Supplementary file 1. Previous proteomic studies of HIV-infected cells. |
||
سطر 82: | سطر 82: | ||
* [[إحصاء]] |
* [[إحصاء]] |
||
* [[إحصاء حيوي]] |
* [[إحصاء حيوي]] |
||
* [[ |
* [[علم الأحياء الحاسوبي]] |
||
* [[علم أنظمة الأحياء]] |
* [[علم أنظمة الأحياء]] |
||
* [[تآثروم]] |
* [[تآثروم]] |