This is snippy-core 4.4.5
Obtained from http://github.com/tseemann/snippy
Enabling bundled tools.
Found any2fasta - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/binaries/noarch/any2fasta
Found samtools - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/samtools
Found minimap2 - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/minimap2
Found bedtools - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/bedtools
Found snp-sites - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/snp-sites
Saving reference FASTA: core.ref.fa
This is any2fasta 0.4.2
Opening 'M001/ref.fa'
Detected FASTA format
Read 73527 lines from 'M001/ref.fa'
Wrote 1 sequences from FASTA file.
Processed 1 files.
Done.
Loaded 1 sequences totalling 4411532 bp.
Will mask 0 regions totalling 0 bp ~ 0.00%
0	M001	snp=622	del=76	ins=50	het=108	unaligned=133260
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