Swoją karierę rozpoczynał w kameruńskim Olympicu Mvolyé. W sezonie 1998/1999, po Mistrzostwach Świata 1998 dostał ofertę ze szwajcarskiego Neuchâtel Xamax, gdzie występował przez jeden sezon ze swoimi rodakami, Josephem Ndo i Augustine Simo. 24 mecze rozegrane na szwajcarskich boiskach i dobra gra w defensywie wystarczyły, by otrzymać ofertę z Francji. Po dwóch zawodników Xamaxu: Njanke i Ndo zgłosił się RC Strasbourg i obydwaj zmienili barwy klubowe. Na boiskach Ligue 1 zadebiutował 31 lipca 1999 roku podczas meczu z RC Lens wygranego 1:0 przez ekipę ze Strasbourga. Rozegrał dwa pełne sezony w barwach klubu ze Stade de la Meinau, zdobywając Puchar Francji w 2001 roku. W połowie sezonu 2001/2002 został wypożyczony na pół roku do angielskiego Portsmouth. Po sezonie wrócił do Francji, a na półmetku rozgrywek 2002/2003 zmienił barwy klubowe na CS Sedan (debiutował z Le Havre AC, 17 sierpnia w zremisowanym 1:1 meczu), z którym spadł do Ligue 2 i przez dwa lata występował na zapleczu, co nie przeszkodziło mu dojść aż do finału Pucharu Francji. Sedan jednak przegrał z AJ Auxerre 1:2. Kolejnym klubem Njanki był spadkowicz z Ligue 1 – FC Istres. Rozegrał tam 14 meczów i odszedł do tunezyjskiego Club Africain Tunis. W sezonie 2007/2008 był zawodnikiem saudyjskiego Al-Wahda Mekka. Z kolei w połowie 2008 roku wyjechał do Indonezji. Tam występował w Persiji Dżakarta, a w 2009 roku został piłkarzem Aremy Malang. Grał też w Atjeh United, Mitra Kukar FC i Persisam Putra Samarinda.
Njanka ma za sobą udział na dwóch Mundialach, w 1998 i 2002 roku. Podczas MŚ we Francji rozegrał wszystkie trzy spotkania w pełnym wymiarze czasowym, a w meczu z Austrią wpisał się na listę strzelców, dając Kamerunowi prowadzenie w 77 minucie meczu. W 90 wyrównał Anton Polster i mecz zakończył się remisem. W meczu z Włochami został ukarany żółtą kartką. Natomiast podczas Mistrzostw w Korei i Japonii rozegrał tylko 84 minuty wygranego 1:0 meczu z Arabią Saudyjską. Został zmieniony przez Pierre’a Womé. Ma za sobą również udział w Pucharze Konfederacji 2003. Kamerun wywalczył tam drugie miejsce, w finale przegrywając z Francją. Decydującego (jeszcze wtedy) złotego gola strzelił w 97 minucie Thierry Henry. W 2002 roku Njanka ze swoją reprezentacją zdobył Puchar Narodów Afryki, w meczu o złoto pokonując Senegal 3:2. Łącznie rozegrał w reprezentacji Kamerunu 37 meczów i strzelił 2 bramki.