PRKDC

PRKDC
Ідентифікатори
Символи	PRKDC, DNA-PKcs, DNAPK, DNPK1, HYRC, HYRC1, XRCC7, p350, IMD26, protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide, DNA-PKC, protein kinase, DNA-activated, catalytic subunit, DNAPKc
Зовнішні ІД	OMIM: 600899 MGI: 104779 HomoloGene: 5037 GeneCards: PRKDC
Пов'язані генетичні захворювання
immunodeficiency 26
Онтологія гена Молекулярна функція • transferase activity • nucleotide binding • DNA binding • DNA-dependent protein kinase activity • transcription factor binding • kinase activity • protein serine/threonine kinase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • enzyme binding • ATP binding • RNA binding • double-stranded DNA binding • protein kinase activity • protein domain specific binding Клітинна компонента • гіалоплазма • мембрана • transcription regulator complex • нуклеоплазма • DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex • nonhomologous end joining complex • GO:0005578 Позаклітинна матриця • клітинне ядро • protein-DNA complex • ядерце • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • somitogenesis • GO:0033128 negative regulation of protein phosphorylation • response to ionizing radiation • negative regulation of response to gamma radiation • positive regulation of immune system process • DNA recombination • positive regulation of developmental growth • T cell differentiation in thymus • telomere capping • фосфорилювання • ритмічний процес • thymus development • positive regulation of fibroblast proliferation • lymphocyte differentiation • T cell receptor V(D)J recombination • negative regulation of apoptotic process • double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining • spleen development • negative regulation of immunoglobulin production • response to activity • regulation of smooth muscle cell proliferation • cellular response to DNA damage stimulus • heart development • pro-B cell differentiation • brain development • B cell lineage commitment • GO:0035404 peptidyl-serine phosphorylation • protein destabilization • regulation of circadian rhythm • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage • V(D)J-рекомбінація • cellular response to insulin stimulus • positive regulation of apoptotic process • ectopic germ cell programmed cell death • immunoglobulin V(D)J recombination • проліферація • double-strand break repair via nonhomologous end joining • telomere maintenance • response to gamma radiation • positive regulation of type I interferon production • T cell lineage commitment • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of cellular senescence • immunoglobulin production • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • Убіквітин-залежний протеоліз • protein phosphorylation • activation of innate immune response • процес імунної системи • вроджений імунітет • regulation of epithelial cell proliferation • positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	5591	19090
Ensembl	ENSG00000253729	ENSMUSG00000022672
UniProt	P78527	P97313
RefSeq (мРНК)	NM_001081640 NM_006904	NM_011159
RefSeq (білок)	NP_001075109 NP_008835	NP_035289
Локус (UCSC)	Хр. 8: 47.77 – 47.96 Mb	Хр. 16: 15.46 – 15.66 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PRKDC (англ. Protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 4 128 амінокислот, а молекулярна маса — 469 089.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAGSGAGVRC		SLLRLQETLS		AADRCGAALA		GHQLIRGLGQ		ECVLSSSPAV
LALQTSLVFS		RDFGLLVFVR		KSLNSIEFRE		CREEILKFLC		IFLEKMGQKI
APYSVEIKNT		CTSVYTKDRA		AKCKIPALDL		LIKLLQTFRS		SRLMDEFKIG
ELFSKFYGEL		ALKKKIPDTV		LEKVYELLGL		LGEVHPSEMI		NNAENLFRAF
LGELKTQMTS		AVREPKLPVL		AGCLKGLSSL		LCNFTKSMEE		DPQTSREIFN
FVLKAIRPQI		DLKRYAVPSA		GLRLFALHAS		QFSTCLLDNY		VSLFEVLLKW
CAHTNVELKK		AALSALESFL		KQVSNMVAKN		AEMHKNKLQY		FMEQFYGIIR
NVDSNNKELS		IAIRGYGLFA		GPCKVINAKD		VDFMYVELIQ		RCKQMFLTQT
DTGDDRVYQM		PSFLQSVASV		LLYLDTVPEV		YTPVLEHLVV		MQIDSFPQYS
PKMQLVCCRA		IVKVFLALAA		KGPVLRNCIS		TVVHQGLIRI		CSKPVVLPKG
PESESEDHRA		SGEVRTGKWK		VPTYKDYVDL		FRHLLSSDQM		MDSILADEAF
FSVNSSSESL		NHLLYDEFVK		SVLKIVEKLD		LTLEIQTVGE		QENGDEAPGV
WMIPTSDPAA		NLHPAKPKDF		SAFINLVEFC		REILPEKQAE		FFEPWVYSFS
YELILQSTRL		PLISGFYKLL		SITVRNAKKI		KYFEGVSPKS		LKHSPEDPEK
YSCFALFVKF		GKEVAVKMKQ		YKDELLASCL		TFLLSLPHNI		IELDVRAYVP
ALQMAFKLGL		SYTPLAEVGL		NALEEWSIYI		DRHVMQPYYK		DILPCLDGYL
KTSALSDETK		NNWEVSALSR		AAQKGFNKVV		LKHLKKTKNL		SSNEAISLEE
IRIRVVQMLG		SLGGQINKNL		LTVTSSDEMM		KSYVAWDREK		RLSFAVPFRE
MKPVIFLDVF		LPRVTELALT		ASDRQTKVAA		CELLHSMVMF		MLGKATQMPE
GGQGAPPMYQ		LYKRTFPVLL		RLACDVDQVT		RQLYEPLVMQ		LIHWFTNNKK
FESQDTVALL		EAILDGIVDP		VDSTLRDFCG		RCIREFLKWS		IKQITPQQQE
KSPVNTKSLF		KRLYSLALHP		NAFKRLGASL		AFNNIYREFR		EEESLVEQFV
FEALVIYMES		LALAHADEKS		LGTIQQCCDA		IDHLCRIIEK		KHVSLNKAKK
RRLPRGFPPS		ASLCLLDLVK		WLLAHCGRPQ		TECRHKSIEL		FYKFVPLLPG
NRSPNLWLKD		VLKEEGVSFL		INTFEGGGCG		QPSGILAQPT		LLYLRGPFSL
QATLCWLDLL		LAALECYNTF		IGERTVGALQ		VLGTEAQSSL		LKAVAFFLES
IAMHDIIAAE		KCFGTGAAGN		RTSPQEGERY		NYSKCTVVVR		IMEFTTTLLN
TSPEGWKLLK		KDLCNTHLMR		VLVQTLCEPA		SIGFNIGDVQ		VMAHLPDVCV
NLMKALKMSP		YKDILETHLR		EKITAQSIEE		LCAVNLYGPD		AQVDRSRLAA
VVSACKQLHR		AGLLHNILPS		QSTDLHHSVG		TELLSLVYKG		IAPGDERQCL
PSLDLSCKQL		ASGLLELAFA		FGGLCERLVS		LLLNPAVLST		ASLGSSQGSV
IHFSHGEYFY		SLFSETINTE		LLKNLDLAVL		ELMQSSVDNT		KMVSAVLNGM
LDQSFRERAN		QKHQGLKLAT		TILQHWKKCD		SWWAKDSPLE		TKMAVLALLA
KILQIDSSVS		FNTSHGSFPE		VFTTYISLLA		DTKLDLHLKG		QAVTLLPFFT
SLTGGSLEEL		RRVLEQLIVA		HFPMQSREFP		PGTPRFNNYV		DCMKKFLDAL
ELSQSPMLLE		LMTEVLCREQ		QHVMEELFQS		SFRRIARRGS		CVTQVGLLES
VYEMFRKDDP		RLSFTRQSFV		DRSLLTLLWH		CSLDALREFF		STIVVDAIDV
LKSRFTKLNE		STFDTQITKK		MGYYKILDVM		YSRLPKDDVH		AKESKINQVF
HGSCITEGNE		LTKTLIKLCY		DAFTENMAGE		NQLLERRRLY		HCAAYNCAIS
VICCVFNELK		FYQGFLFSEK		PEKNLLIFEN		LIDLKRRYNF		PVEVEVPMER
KKKYIEIRKE		AREAANGDSD		GPSYMSSLSY		LADSTLSEEM		SQFDFSTGVQ
SYSYSSQDPR		PATGRFRRRE		QRDPTVHDDV		LELEMDELNR		HECMAPLTAL
VKHMHRSLGP		PQGEEDSVPR		DLPSWMKFLH		GKLGNPIVPL		NIRLFLAKLV
INTEEVFRPY		AKHWLSPLLQ		LAASENNGGE		GIHYMVVEIV		ATILSWTGLA
TPTGVPKDEV		LANRLLNFLM		KHVFHPKRAV		FRHNLEIIKT		LVECWKDCLS
IPYRLIFEKF		SGKDPNSKDN		SVGIQLLGIV		MANDLPPYDP		QCGIQSSEYF
QALVNNMSFV		RYKEVYAAAA		EVLGLILRYV		MERKNILEES		LCELVAKQLK
QHQNTMEDKF		IVCLNKVTKS		FPPLADRFMN		AVFFLLPKFH		GVLKTLCLEV
VLCRVEGMTE		LYFQLKSKDF		VQVMRHRDDE		RQKVCLDIIY		KMMPKLKPVE
LRELLNPVVE		FVSHPSTTCR		EQMYNILMWI		HDNYRDPESE		TDNDSQEIFK
LAKDVLIQGL		IDENPGLQLI		IRNFWSHETR		LPSNTLDRLL		ALNSLYSPKI
EVHFLSLATN		FLLEMTSMSP		DYPNPMFEHP		LSECEFQEYT		IDSDWRFRST
VLTPMFVETQ		ASQGTLQTRT		QEGSLSARWP		VAGQIRATQQ		QHDFTLTQTA
DGRSSFDWLT		GSSTDPLVDH		TSPSSDSLLF		AHKRSERLQR		APLKSVGPDF
GKKRLGLPGD		EVDNKVKGAA		GRTDLLRLRR		RFMRDQEKLS		LMYARKGVAE
QKREKEIKSE		LKMKQDAQVV		LYRSYRHGDL		PDIQIKHSSL		ITPLQAVAQR
DPIIAKQLFS		SLFSGILKEM		DKFKTLSEKN		NITQKLLQDF		NRFLNTTFSF
FPPFVSCIQD		ISCQHAALLS		LDPAAVSAGC		LASLQQPVGI		RLLEEALLRL
LPAELPAKRV		RGKARLPPDV		LRWVELAKLY		RSIGEYDVLR		GIFTSEIGTK
QITQSALLAE		ARSDYSEAAK		QYDEALNKQD		WVDGEPTEAE		KDFWELASLD
CYNHLAEWKS		LEYCSTASID		SENPPDLNKI		WSEPFYQETY		LPYMIRSKLK
LLLQGEADQS		LLTFIDKAMH		GELQKAILEL		HYSQELSLLY		LLQDDVDRAK
YYIQNGIQSF		MQNYSSIDVL		LHQSRLTKLQ		SVQALTEIQE		FISFISKQGN
LSSQVPLKRL		LNTWTNRYPD		AKMDPMNIWD		DIITNRCFFL		SKIEEKLTPL
PEDNSMNVDQ		DGDPSDRMEV		QEQEEDISSL		IRSCKFSMKM		KMIDSARKQN
NFSLAMKLLK		ELHKESKTRD		DWLVSWVQSY		CRLSHCRSRS		QGCSEQVLTV
LKTVSLLDEN		NVSSYLSKNI		LAFRDQNILL		GTTYRIIANA		LSSEPACLAE
IEEDKARRIL		ELSGSSSEDS		EKVIAGLYQR		AFQHLSEAVQ		AAEEEAQPPS
WSCGPAAGVI		DAYMTLADFC		DQQLRKEEEN		ASVIDSAELQ		AYPALVVEKM
LKALKLNSNE		ARLKFPRLLQ		IIERYPEETL		SLMTKEISSV		PCWQFISWIS
HMVALLDKDQ		AVAVQHSVEE		ITDNYPQAIV		YPFIISSESY		SFKDTSTGHK
NKEFVARIKS		KLDQGGVIQD		FINALDQLSN		PELLFKDWSN		DVRAELAKTP
VNKKNIEKMY		ERMYAALGDP		KAPGLGAFRR		KFIQTFGKEF		DKHFGKGGSK
LLRMKLSDFN		DITNMLLLKM		NKDSKPPGNL		KECSPWMSDF		KVEFLRNELE
IPGQYDGRGK		PLPEYHVRIA		GFDERVTVMA		SLRRPKRIII		RGHDEREHPF
LVKGGEDLRQ		DQRVEQLFQV		MNGILAQDSA		CSQRALQLRT		YSVVPMTSRL
GLIEWLENTV		TLKDLLLNTM		SQEEKAAYLS		DPRAPPCEYK		DWLTKMSGKH
DVGAYMLMYK		GANRTETVTS		FRKRESKVPA		DLLKRAFVRM		STSPEAFLAL
RSHFASSHAL		ICISHWILGI		GDRHLNNFMV		AMETGGVIGI		DFGHAFGSAT
QFLPVPELMP		FRLTRQFINL		MLPMKETGLM		YSIMVHALRA		FRSDPGLLTN
TMDVFVKEPS		FDWKNFEQKM		LKKGGSWIQE		INVAEKNWYP		RQKICYAKRK
LAGANPAVIT		CDELLLGHEK		APAFRDYVAV		ARGSKDHNIR		AQEPESGLSE
ETQVKCLMDQ		ATDPNILGRT		WEGWEPWM

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, кіназ, серин/треонінових протеїнкіназ. Задіяний у таких біологічних процесах як пошкодження ДНК, репарація ДНК, біологічні ритми, рекомбінація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Anderson C.W., Dunn J.J., Freimuth P.I., Galloway A.M., Allalunis-Turner M.J. (2001). Frameshift mutation in PRKDC, the gene for DNA-PKcs, in the DNA repair-defective, human, glioma-derived cell line M059J. Radiat. Res. 156: 2—9. PMID 11418067 DOI:10.1667/0033-7587(2001)156[0002:FMIPTG]2.0.CO;2
• Carter T., Vancurova I., Sun I., Lou W., DeLeon S. (1990). A DNA-activated protein kinase from HeLa cell nuclei. Mol. Cell. Biol. 10: 6460—6471. PMID 2247066 DOI:10.1128/MCB.10.12.6460
• Iijima S., Teraoka H., Date T., Tsukada K. (1992). DNA-activated protein kinase in Raji Burkitt's lymphoma cells. Phosphorylation of c-Myc oncoprotein. Eur. J. Biochem. 206: 595—603. PMID 1597196 DOI:10.1111/j.1432-1033.1992.tb16964.x
• Bannister A.J., Gottlieb T.M., Kouzarides T., Jackson S.P. (1993). c-Jun is phosphorylated by the DNA-dependent protein kinase in vitro; definition of the minimal kinase recognition motif. Nucleic Acids Res. 21: 1289—1295. PMID 8464713 DOI:10.1093/nar/21.5.1289
• Connelly M.A., Zhang H., Kieleczawa J., Anderson C.W. (1996). Alternate splice-site utilization in the gene for the catalytic subunit of the DNA-activated protein kinase, DNA-PKcs. Gene. 175: 271—273. PMID 8917110 DOI:10.1016/0378-1119(96)00135-7
• Shieh S.-Y., Ikeda M., Taya Y., Prives C. (1997). DNA damage-induced phosphorylation of p53 alleviates inhibition by MDM2. Cell. 91: 325—334. PMID 9363941 DOI:10.1016/S0092-8674(00)80416-X

Див. також

• Хромосома 8