Повна фільмографія включає понад триста фільмів, але більша частина з них нині безповоротно втрачено.
Працюючи в стилі свого вчителя, став досить відомим карикатуристом. Співпрацював із журналами La Nouvelle Lune[fr] (Новий місяць) та Homines d'aujourd-hui (Сучасники)[9]. Тоді ж працював фотографом.
Після 1900 співпрацює з гумористичними журналами та альманахами, наприклад журнал «Чорна кішка» (фр.Chat noir), де малює серії комічних пригод мальованого персонажа, близького до традицій лубка та коміксів. У одній із таких серій зобразив робітників, які просвердлюють підлогу гігантським свердликом.
Коли сценаристи «Гомона» використали його ідею, Коль вирушив зі скаргою до Леона Гомона, і той найняв його сценаристом[9]. Режисерську діяльність почав зі знімання трюкових фільмів на натурі (жанр, у якому працював Фейяд). Уже в березні 1908 року досяг успіху, поставивши фільм La course aux potirons (Гонитва за гарбузами)[9].
Того ж, 1908 року, покадрово знімаючи малюнки, вперше у світі[9] створює графічний мультфільм Фантасмагорія, а два його важливих відкриття — окремий малюнок кожної фази руху і знімання камерою, закріпленою вертикально, і сьогодні залишаються основними принципами роботи в мальованій мультиплікації.
Перший показ анімаційних фільмів відбувся 17 серпня 1908 року, на екрані театру «Жимназ» у Парижі[10]. Це був фільм «Фантасмагорія» з головним персонажем Фантошем. «Фантош» (від фр.fantoche, яке, своєю чергою, походить від італ.fantoccio) — лялька, маріонетка) — перший постійний персонаж Еміля Коля[10].
Свої картини Коль малював сам — кадр за кадром, а стрічка завдовжки лише 36 метрів містила 2000 кадрів. Еміль Коль також першим застосував засіб оживлення речей: «Живі сірники» (Les Allumettes animées; тема, до якої повертався кілька разів), «Жива газета», «Малюк Фауст» (Le Tout Petit Faust), зіставлення натурного предмета з мальованим персонажем, а також використав у мультиплікації фотографію.
Протягом 1909—1910 років створював для фірми «Гомон» трюкові стрічки, в яких застосовував переважно зворотне або покадрове знімання.
1912 року для компанії «Екліпс» перезнімає деякі зі своїх колишніх картин.
1913 року його запросили в «Еклер», і вже як співробітник цієї фірми, Коль їде до США, де працює для філії фірми «Еклер» у форті Лі (Нью-Джерсі). У Сполучених Штатах випускає серію «Снукумс», пригоди персонажа, якого створив художник Мак-Манус[en][9].
Повернувся до Франції напередодні Першої світової війни. Протягом 1917—1918 років створив серію з п'яти фільмів «Пригоди нікельованих ніг» (Les Aventures des Pieds Nickelés) про трьох бандитів.