Mặc dù về vị trí sân bay Nagasaki cũng tương tự như các sân bay nằm trên đảo ở các vùng khác của Nhật như sân bay quốc tế Kansai, sân bay Kobe, sân bay Kitakyushu, và sân bay quốc tế Chubu, nhưng đảo mà người ta xây dựng sân bay đã tồn tại trước đó. Việc xây dựng sân bay đòi hỏi phải ủi phẳng các đồi trên đảo và san lấp các khu vực xung quanh, làm cho diện tích của nó tăng từ 0,9 đến 1,54 km2 (0,35 đến 0,59 dặm vuông Anh). Sân bay này mở cửa vào ngày 1 tháng 5 năm 1975.
Có một số công ty cung cấp dịch vụ xe buýt đến sân bay từ Nagasaki, Shimabara, Sasebo, và các thành phố lân cận. Các chuyến phà phục vụ cho Togitsu, Nagayo, và Huis Ten Bosch.