太魯閣列車
- 2007年5月8日：開始營運，初期僅行駛樹林－花蓮間班次。順行為2035次、1063次、1069次（五六日）、1073次，逆行為1062次、1066次、1090次、1074次（五六日）。
- 2007年6月25日：因花蓮地區通勤需求及太魯閣號不發售無座票政策，首班對號列車1062次由太魯閣號變更為柴聯車自強號行駛，1064次變更為太魯閣號行駛。
- 2008年2月25日：2008年春節期間以加班車方式行駛花蓮－員林間之1188次、1195次改為定期班次每天行駛，原本僅行駛至彰化，於3月11日改為員林到開。
- 2008年5月15日：增發定期列車，除東部幹線外，週一至週五開行純西部幹線班次彰化－基隆間1098次，以及基隆－樹林間1097次，其中1097次沿途停靠基隆、八堵、七堵、汐止、南港、松山、台北、萬華、板橋。
- 2008年10月24日：為補足東部幹線假日的運能，逢週五到週日每日增開4班次。
- 2009年10月27日：因員林車站高架化施工，原本由員林到開之班次延駛至田中。
- 2010年12月22日：純西部幹線班次1098次及1097次停駛，自此未再行駛純西部幹線班次。
- 2014年4月29日：由於太魯閣號陸續屆四級檢修規定及普悠瑪號陸續加入營運，206次、282次、271次、247次自4月29日起改為普悠瑪號替駛。
- 2014年7月16日：首度行駛海線及山線，西部延伸至斗六、東部延伸至壽豐。
- 2015年10月15日：原普悠瑪號402次、426次、438次、401次、417次、441次改為太魯閣號行駛，原太魯閣號232次、278次、280次、230次、288次、203次、273次、283次、285次，改為普悠瑪號行駛。之後各次改點或有班次因為列車運用調整而互換車型的情形。
- 2016年10月16日：台中鐵路高架化後因爲月台高度及踏板問題，退出山線營運。
- 2019年12月20日：原太魯閣號436次、405次改由普悠瑪號行駛，原普悠瑪號438次、401次改為太魯閣號行駛。
- 2020年12月23日：南迴鐵路電氣化通車，原普悠瑪號207次、248次、405次、411次、432次、436次、447次、448次改為太魯閣號行駛，原太魯閣號203次、206次、213次、228次、229次、256次、401次、438次改為普悠瑪號行駛。
- 2021年9月22日：405次、408次、421次、436次改為普悠瑪號行駛。
- 2021年12月29日：因EMU3000投入營運，原太魯閣號411次、426次、441次改為EMU3000型行駛，原普悠瑪號401次、405次、436次改為太魯閣號行駛。
- 2022年5月25日：因402次太魯閣號集電弓被脫落礙子擊中故障，同編組回程運用417次知本－花蓮段由EMU3030替駛，花蓮－樹林段由EMU906替駛。
- 2022年6月29日起，278次及285次起訖站改為彰化，並增停鶯歌[1][2][3]。
- 2022年8月9日：因432次太魯閣號於瑞穗站發生故障燒軸，同編組回程運用447次全程由EMU3000替駛。
- 2022年8月31日～9月1日：因鳳林車站電車線故障致432次太魯閣號誤點嚴重，因此由EMU3010代打接續的原太魯閣號447次與隔日402次。
- 2022年9月14日起，為因應車輛展開無階化工程，原太魯閣219次、233次、234次、248次、278次、285次改為普悠瑪號行駛，原普悠瑪202次、237次改為太魯閣號行駛，本次改點使太魯閣號營運範圍縮減至樹林-知本間。
- 2022年10月18日，280次於苗栗故障，由1168次區間車接駁，並由樹林調車場另派太魯閣號（編組：TEMU1003+1004）接續行駛至花蓮。
- 2023年4月26日，因年度改點，230次與326次普悠瑪整併為428次，並改由EMU3000型行駛，原太魯閣202、237次改由普悠瑪號行駛，原普悠瑪248次改由太魯閣號行駛，原EMU3000型行駛的21、22次改由太魯閣號行駛。
- 2023年6月28日，台鐵小改點，原太魯閣21、22次改回EMU3000行駛。
運用符號表示說明：此為臺鐵車輛車次運用略表，部分車次屬於迴送性質，不會列入旅客時刻表。
- 「=」表示隔日，「-」表示當日同編組的下一個運用，例如「432-447=402-417-448=401」，表示A列車編組第一日由432次開始，到第三日的401次為止是為一完整運用。
- 「[ ]」為該運用串特定日期行駛車次。
- 僅供參考，實際運用狀況以臺鐵現場調度為主。
本型車全配屬於臺北機務段 （共8列，編組：TEMU1001+1002～1015+1016，TEMU1013+1014因事故停用），車次運用如下：
- 2列：402-417-448=401
- 1列：256=203
- 2列：236-247=402-417-448=401
- 1列：256=217
- 2列：402-417-448=401
- 1列：248=217
- 1列：234（週日）-233（週日）
- 樹林 - 知本：402次
- 樹林 - 臺東：432、436（週五至日行駛）、448次
- 樹林 - 花蓮：248次
- 知本 - 樹林：417次
- 臺東 - 樹林：401、405（週六至一行駛）、447次
- 花蓮 - 樹林：217次
- 樹林 - 知本：402次
- 樹林 - 臺東：448次
- 樹林 - 花蓮：234（逢週日行駛）、248次
- 知本 - 樹林：417次
- 臺東 - 樹林：401次
- 花蓮 - 樹林：217、233次（逢週日行駛）
- 過往的時刻表請參見太魯閣列車/歷年時刻表。
- 過往的時刻表請參見太魯閣列車/歷年時刻表。
- ↑ 立委蘇巧慧爭取的是普悠瑪號，後續因車輛運用及臺鐵考量之下，改由太魯閣號停靠。
- ↑ 李定宇. 對號列車普悠瑪 6月起停靠鶯歌站. 聯合新聞網. 2022-02-23 [2022-02-23].
- ↑ 林朝億. 普悠瑪不停中壢停鶯歌？台鐵工會：蘇巧慧要求的. 新頭殼newtalk. 2022-03-17 [2022-03-17].