Code source de nos Travaux d'Étude et de Recherche. Plusieurs méthodes exactes ou approchées pour obtenir un consensus d'ordre. C'est-à-dire, transformer une relation binaire quelconque en une relation d'ordre partiel avec une perte d'information minimisée. Ces algorithmes servent le contexte bio-informatique de la cartographie génétique.
Petites Integrations Continues : Une documentation de tout le projet est automatiquement générée par une action Github à chaque mise à jour de la branche
master. Vous pouvez retrouver cette documentation complète sur hareski.github.io/ConsensusOrdres. Le status de déploiement de la documentation est actuellement :Une compilation est automatiquement déclenchée à chaque mise à jour de la branche
master. Le status de compilation du projet est :
Pour installer le programme, il vous faut utiliser Cmake. Pour télécharger Cmake : https://cmake.org/download/. Vous pouvez ensuite utiliser votre IDE ou directement les commandes sur le dossier source :
cd app
cmake ..
make
Finalement le programme peut être lancé avec ./main.
Contient le fichier main.cpp. Il s'agit d'exemples d'utilisation du programme.
Note : Il peut être supprimé ou modifié si le programme est utilisé dans un autre cadre.
Documentation à partir du code source et des commentaires du programme qui doit être généré avec Doxygen : http://www.doxygen.nl/
Vous pouvez aussi retrouver directement la documentation complète sur hareski.github.io/ConsensusOrdres.
Note : Contient aussi le fichier de configuration
Doxyfileindiquant la configuration à suivre à Doxygen. C'est cette configuration qui est utilisée pour le déploiement de la documentation automatique.
Différentes données utilisées pour les exemples d'utilisation.
Fichiers d’en-tête du programme. Définitions de l'ensemble des classes, variables, fonctions et méthodes.
Fichiers sources du programme. L'ensemble des méthodes et fonctions y sont déclarées. Pour faciliter la maintenance, la documentation se situe directement au-dessus des déclarations.
Plusieurs outils externes pour faciliter l'utilisation du programme. Notamment la visualisation des graphes.
Outil de visualisation des graphes bicolores avec Sagemath.
Outil Python pour convertir des fichiers décrivant des relations binaires entre gênes utilisant des noms en des relations binaires utilisant des entiers.