🚀 Nouveautés

• Possibilité de surcoucher les fichiers du dossier static en les plaçant avec le même nom dans le dossier custom (#496)
  • Par exemple pour surcoucher le pictogrammes des mammifères, mettre le votre dans custom/images/picto_Mammiferes.png
• Possibilité de customiser le fichier navbar.html (déplacé dans le dossier static/custom/templates) (#496)
• Ajout d'un linter pour le code python (black)

⚠️ Notes de version

• Si l'application n'est pas à la racine du serveur (par exemple avec /atlas), la configuration Apache est à modifier et devient :

  <Location /atlas>
      ProxyPass  http://127.0.0.1:8080/atlas
      ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8080/atlas
  </Location>
  

• Copier le fichier navbar.html dans le dossier atlas/static/custom/templates/ :

  cp atlas/static/custom/templates/navbar.html.sample atlas/static/custom/templates/navbar.html
  

🚀 Nouveautés

• Ajout du paramètre DISPLAY_OBSERVERS permettant de masquer les observateurs des fiches espèces (#439 par @mvergez)
• [Docker] Ajout d'un fichier Dockerfile permettant de dockeriser GeoNature-atlas (#470)
• [Docker] Ajout d'une Github action publiant automatiquement les images Docker de GeoNature-atlas
• [Docker] Ajout des scripts docker_startup.sh et docker_install_atlas_schema.sh (sera exécuté au démarrage du container si la variable d'environnement ATLAS_INSTALL_SCHEMA est à true) (#470)
• Possibilité de définir le chemin vers le fichier de config avec ATLAS_SETTINGS (par défaut atlas/configuration/config.py) (#470)
• Possibilité de définir le chemin vers le dossier des templates avec ATLAS_TEMPLATE_FOLDER (par défaut .) (#470)
• Possibilité de définir le chemin vers le dossier des templates avec ATLAS_STATIC_FOLDER (par défaut atlas/static) (#470)
• Gestion du proxy avec ProxyFix (#470)
• Mise à jour de Flask en version 2 et de nombreuses dépendances Python (#470)

🐛 Corrections

• Corrections linguistiques (#383 par @Splendens)
• Correction d'une traduction (#433 par @mvergez)
• Harmonisation et correction des fiches organismes (#382, #384 par @Splendens)
• Correction de l'affichage des pictos des groupes 2 INPN quand leur nom contient un accent (#380 par @Splendens)
• Amélioration de l'affichage des logos des organismes sur la page d'accueil (#381 par @Splendens)
• Affichage de lb_nom en italique (#387 par @Splendens)
• Affichage HTML du titre du média principal dans les fiches espèce (#420 par @joelclems)
• Correction du scroll infini de la galerie photo (#430 par @mvergez)
• Correction des liens vers les fiches espèces dans la galerie photo
• Correction du lien vers les fiches espèces dans la galerie photo (#459 par @jpm-cbna)
• Correction du bouton de tri (aléatoire ou nombre d'observation) dans la galerie photo
• Amélioration du lien vers la fiche d'un taxon depuis la galerie photo (#432 par @mvergez)
• Correction de l'affichage de la liste des taxons sur les fiches communes (#445 par @mvergez)
• Prise en compte des cas où le SRID est différent de 2154 lors de la création de atlas.t_mailles_territoire (#417 par @joelclems)
• Harmonisation de l'affichage du picto group2_inpn (#424, #425, #426, #427, #429 par @missT)
• Affichage en double de la légende quand le slider était manipulé (#452 par @mvergez)
• Exclusion des médias supprimés dans la vue vm_medias (#458 par @jpm-cbna)
• Spécification du port de base de données dans le script install_db.sh (#422 par @geobrun)
• Correction des photos lors du scroll dans les fiches des communes (#448 par @mvergez)
• Affichage cartographique sur la page "Recherche avancée" (#486)
• Support des cd_ref négatifs

🐛 Optimisations

• Optimisation de la requête de sélection des "Nouvelles espèces observées" (#455 par @andriacap)
• Mise en cache des statistiques de la page d'accueil (#400 par @TheoLechemia)
• Optimisation et ajout d'index sur la vue atlas.vm_cor_taxon_organism (#463 par @jpm-cbna)
• Redirection des URL des fiches espèces des synonymes vers les noms de référence (#388 par @jpm-cbna)
• Suppression des requêtes inutiles sur la page d'accueil (#275 par @jpm-cbna)
• Nettoyage et optimisation du code (#395, #407, #396, #394 par @jpm-cbna)
• Ajout du paramètre permettant de recharger automatiquement les templates (#431 par @mvergez)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature-atlas :

• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update/update_1.5.2to1.6.0.sql
• Dans le fichier de configuration config.py, changez le nom du paramètre database_connection en SQLALCHEMY_DATABASE_URI
• Si vous utilisiez le paramètre ANONYMIZE, celui-ci est à remplacer par ORGANISM_MODULE et DISPLAY_OBSERVERS qui permettent d'afficher ou non indépendamment les organismes et les observateurs
• Suivez la procédure classique de mise à jour de l'application

🐛 Corrections

• Ajout de l'utilisation de nvm dans le script install_app.sh (par @gildeluermoz)
• Nettoyage de la documentation (par @gildeluermoz)
• Mise à jour de la version du schéma taxonomie pour une installation sans GeoNature (par @gildeluermoz)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature-atlas :

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes de versions intermédiaires
• Télécharger et installer nvm :

  wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.38.0/install.sh | bash
  
  export NVM_DIR="$([ -z "${XDG_CONFIG_HOME-}" ] && printf %s "${HOME}/.nvm" || printf %s "${XDG_CONFIG_HOME}/nvm")"
  [ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && \. "$NVM_DIR/nvm.sh" # This loads nvm
  

• Suivez la procédure classique de mise à jour de l'application.

🚀 Nouveautés

1. Affichage des organismes (#291 par @corentinlange)

• Affichage des organismes activable avec le paramètre ORGANISM_MODULE (désactivé par défaut) (#325)
• Affichage des organismes ayant fourni des données d'une espèce dans la fiche espèce (#315)
• Intégration du bandeau organisme sur la page d'accueil (#245 par @Splendens)
• Création de fiches organismes, avec logo, nom, nombre de données, espèces les plus observées et familles de taxons observés par un organisme (#291)

2. Multilingue (#175 par @TheMagicia et @corentinlange)

• Mise en place du multilingue (activable avec le paramètre MULTILINGUAL) avec les fichiers de langue de traduction de l'interface en français, anglais et italien
• Langue détectée automatiquement en fonction de la langue du navigateur
• Possibilité pour l'utilisateur de basculer sur une autre langue disponible
• Optimisation du multilingue pour le référencement par les moteurs de recherche
• Redirection automatique des URL sans clé de langue pour le référencement et les anciennes URL
• Documentation (docs/multilingual.rst)

3. Bootstrap 4 (#233 par @lpofredc)

• Mise à jour de Bootstrap version 3 à 4 (#230)
• Remplacement de la police d'icônes Glyphicon par Font Awesome
• Correction de l'absence de la hiérarchie sur les fiches taxons
• Restructuration des templates (avec includes & blocks) et mutualisation des parties partagées
• Refonte de la page commune, notamment en fixant la carte et en ne scrollant que dans la liste (#79)
• Remplacement de la librairie des graphiques morris/D3 par Chart.js (#164)
• Ajout d'un fichier sitemap.xml à la racine de l'application, autogénéré pour optimiser le référencement par les moteurs de recherche (#44)
• Ajout d'un fichier robots.txt à la racine de l'application, à partir d'un template customisable, pour indiquer aux moteurs de recherche les pages qu'ils peuvent indexer ou non (#223)
• Utilisation des zonages activés uniquement dans le ref_geo (enable = true)
• Possibilité de customiser en CSS la couleur des contours des objets sur les cartes (mailles, territoire, zonages)
• Corrections de la hiérarchie taxonomique
• Possibilité de masquer les observateurs avec le nouveau paramètre ANONYMIZE
• Possibilité que les liens dans le menu latéral soient des liens externes (en remplaçant la clé template par la clé url au niveau du paramètre STATIC_PAGES)

4. Nouvelles espèces

• Ajout d'un bloc "Nouvelles espèces observées" sur la page d'accueil, permettant d'afficher les dernières espèces découvertes (première observation d'une espèce) sur le territoire (#85 par @MathildeLeclerc)

5. Autres

• Possibilité d'afficher l’échelle sur la carte avec le paramètre ENABLE_SCALE (#293 par @mvergez)
• Possibilité d'ajouter un masque sur la carte en dehors du territoire avec le paramètre MASK_STYLE (#89 par @mvergez)
• Ajout de pictos manquants (#272 par @jpm-cbna)

6. Développement

• Support de Debian 11
• Installation découpée (#332 et #349 par @corentinlange)
• Mise en place de npm pour installer les dépendances (#310 par @corentinlange)
• Mise en place de la structure de tests Backend (avec Pytest) et Frontend (avec Jest) (#297 et #316)
• Remplacement de supervisor par systemd
• Ajout d'un paramètre de définition du timeout de gunicorn (#271 par @jpm-cbna)
• Mise à jour des dépendances
• Réorganisation du code et packaging
• Ajout d'une page de recherche avancée, permettant d'afficher les observations par maille de 3 espèces en même temps, à tester et finaliser (#313 par @lpofredc)
• Ajout de la possibilité de proposer d'autres types de zonages que les communes, à tester, génériciser et finaliser (#209 par @lpofredc)

🐛 Corrections

• Retrait des -n dans le fichier d'installation (#306 par @corentinlange)
• Correction de l'API searchCommune en fermant les sessions DB (#277 par @jpm-cbna)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature-atlas :

• Stopper le service atlas de supervisor (sudo supervisorctl stop atlas). Supprimez également le fichier de configuration supervisor de l'atlas (sudo supervisorctl remove atlas && sudo rm /etc/supervisor/conf.d/atlas-service.conf && sudo supervisorctl reread)
• Ajouter la variable SECRET_KEY au fichier config.py (utilisée pour chiffrer la session), et remplissez-la avec une chaine de texte aléatoire.
• Relancer l'installation complète de la BDD car de nombreux éléments ont évolué, en lancant le script install_db.sh, après avoir passé le paramètre drop_apps_db à true dans le fichier settings.ini. Cela va complètement supprimer et recréer votre BDD de GeoNature-atlas. Si vous aviez modifié la vue synthese.syntheseff ou des vues matérialisées, vous devrez reporter ces modifications après la réinstallation de la BDD de GeoNature-atlas.
  Si votre GeoNature-atlas est connecté à une BDD GeoNature distante, vous devez au préalable étendre les droits de lecture de l'utilisateur PostgreSQL utilisé pour lire les données au niveau de cette BDD GeoNature source (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/atlas/configuration/settings.ini.sample#L65) :

  GRANT USAGE ON SCHEMA utilisateurs, gn_meta TO geonatatlas;
  GRANT SELECT ON ALL TABLES IN SCHEMA utilisateurs, gn_meta TO geonatatlas;
  

• Suivez la procédure classique de mise à jour de l'application.
• Le nom du service systemd est désormais geonature-atlas
• Les logs sont désormais dans /var/log/geonature-atlas.log. Vous pouvez supprimer le répertoire log à la racine de l'atlas qui est obsolète.

🐛 Corrections

• Désactivation de la route des observations ponctuelles quand l'atlas est paramétre en mode mailles (#237 par @lpofredc)
• Correction de l'affichage des rangs taxonomiques sur les fiches espèces
• Ajout d'index sur les vues matérialisées atlas.t_layer_territoire et atlas.t_mailles_territoire pour pouvoir les rafraichir en parallèle (#254 et #260)
• Correction des observations dupliquées dans les fiches communes (#225 par @jpm-cbna)
• Correction des liens vers les fiches espèce depuis la carte de la page d'accueil en mode mailles (#221 par @jpm-cbna et @lpofredc)
• Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
• Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation
• Mise à jour de la dépendance Python SQLAlchemy en version 1.3.19
• Clarification de la documentation et du fichier d'exemple de settings.ini

⚠️ Notes de version

• Si vous mettez à jour l'application, exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update_1.4.1to1.4.2.sql
• Si vous disposiez d'un GeoNature de version inférieure à 2.5 et que vous passez à cette version, adaptez la table étrangère : ALTER FOREIGN TABLE synthese.synthese DROP id_nomenclature_obs_meth;
• Suivez la procédure classique de mise à jour : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication

🐛 Corrections

• Correction de syntaxe dans le fichier exemple de la configuration config.py.example (#206 et #208)
• Correction du responsive sur la page d'accueil
• Correction du slider d'année sur les fiches espèce en mode maille
• Correction d'un import python incorrect (#205)
• Corrections mineures et mise en forme de la documentation
• Requete get_taxon : utilisation get_or_none au lieu de prendre l'index 0 de la liste (#207)
• Correction de la serialisation de la route des observations ponctuelles (doit contenir la clé year pour que le slider fonctionne)

⚠️ Notes de version

• Release corrective mineure
• Si vous effectuez une montée de version, la correction du responsive nécessite une correction sur le fichier du customisation introduction.html. Supprimer simplement la première balise <div class="col-sm-12"> et sa balise fermante correspondante (à la dernière ligne du fichier).
• Suivez la procédure classique de mise à jour : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication

🚀 Nouveautés

• Compatible avec GeoNature version 2 et connexion possible au réferentiel géographique (#162)
• Fiches espèce : les mailles ne sont plus dupliquées pour améliorer les performances (#53)
• Passage à Python 3 (par @aroche)
• Prise en compte de la dégradation des données (centroïde de la géométrie dégradée) de GeoNature, basé sur les niveaux de diffusion du SINP (voir http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/5-niveaux-de-precision-de-diffusion-souhaites-niveauprecision-23-06-2016/)
• Amélioration du module de recherche de taxons (AJAX + trigrammes) (par @aroche)
• Amélioration du module de recherche de commune (AJAX) (par @aroche)
• Chargement "paresseux" des images dans les listes de taxons et la page d'accueil (par @aroche)
• Mise en place de valeurs de paramètres par défaut, surcouchables si besoin. Vérification des paramètres de configuration grâce à Marshmallow et passage de paramètres par défaut si paramètres absents
• Simplification du passage de la configuration aux routes
• Ajout de la description, de la licence et de la source sur les médias (par @sig-pnrnm)
• Formatage des grands nombres (par @jbdesbas)
• Ordonnancement des noms de communes par longueur (#193) (par @jbdesbas)
• Standardisation GeoJson des API
• Ajout de fonctions SQL pour rafraichir uniquement les vues matérialisées des données dans l'ordre (atlas.refresh_materialized_view_data()) ou uniquement les données géographiques plus stables (atlas.refresh_materialized_view_ref_geo())
• Possibilité de masquer le slider de la carte des fiches espèces (ENABLE_SLIDER)
• Possibilité de limiter l'étendue de la carte (paramètre MAX_BOUNDS) (par @jbdesbas)
• Ajout du paramètre REDIMENSIONNEMENT_IMAGE qui active ou non le redimmensionnement à la volée par TaxHub
• Ajout du paramètre DISPLAY_PATRIMONIALITE qui contrôle l'affichage du logo "patrimonial" sur les fiches espèce et les listes
• Rafraîchissement du graphisme
• Facilitation de la customisation grâce à des variables CSS
• Compléments divers de la documentation (/docs/)

🐛 Corrections

• Renommage du répertoire main en atlas
• Suppression du paramètre COLONNES_RANG_STAT (calculé)
• Suppression du paramètre IGNAPIKEY (le passer directement dans les variables MAP.FIRST_MAP et MAP.SECOND_MAP)
• Corrections diverses (par @xavyeah39 et @RomainBaghi)

⚠️ Notes de version

Si vous souhaitez connecter l'atlas à GeoNature 2, préferez une nouvelle installation de GeoNature-atlas 1.4.0, plutôt qu'une migration.

Dans le cas contraire, suivez les instructions suivantes :

• Ajouter l'extension Trigramme à PostgreSQL :

sudo ls
sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"

Lancer le script de migration update_1.3.2to1.4.0.sql (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update_1.3.2to1.4.0.sql) avec l'utilisateur lecteur de l'application (cf settings.ini : user_pg)

• Des nouvelles variables CSS permettent de customiser les couleurs de l'application. Vous pouvez ajouter les variables ci-dessous au fichier static/custom/custom.css et les adapter à votre contexte (les variables --main-color et --second-color sont les couleurs principalement utilisées : bouton, scrollbar, navbar etc...)

:root {
  --main-color: #82c91e;
  --second-color: #649b18;
}

Suivez ensuite les instructions suivantes :

• Télécharger puis dézipper la nouvelle version de l'atlas.

cd /home/`whoami`
wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/archive/X.Y.Z.zip
unzip X.Y.Z 
rm X.Y.Z

• Renommer l'ancienne version de l'atlas puis la nouvelle version.

mv /home/`whoami`/atlas/ /home/`whoami`/atlas_old/
mv GeoNature-atlas-X.Y.Z /home/`whoami`/atlas/

• Copier les fichiers settings.ini et config.py depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer vos paramètres de configuration :

cd atlas
cp ../atlas_old/main/configuration/settings.ini atlas/configuration/settings.ini
cp ../atlas_old/main/configuration/config.py atlas/configuration/config.py

• Ouvrir le fichier settings.ini pour y rajouter le nouveau paramètre suivant (laisser la valeur fournie) :

python_executable=/usr/bin/python3

• Le passage à Python 3 nécessite quelques évolutions dans le fichier config.py : il faut supprimer tous les appels à la fonction unicode). Ouvrez-le, puis supprimer la ligne 20 STRUCTURE = unicode(STRUCTURE, 'utf-8'), la ligne 24 NOM_APPLICATION = unicode(NOM_APPLICATION, 'utf-8') et les lignes 113-114 for i in range(len(RANG_STAT_FR)): RANG_STAT_FR[i]=unicode( RANG_STAT_FR[i], 'utf-8')

• Dans le fichier config.py, supprimer le paramètre IGNAPIKEY et intégrer votre clé IGN directement dans les variables FIRST_MAP et SECOND_MAP.

• Si le redimensionnement d'image était activé, passer la variable REDIMENSIONNEMENT_IMAGE à True dans le fichier de configuration config.py

• Copier le contenu du répertoire static/custom/ depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer toute votre customisation (CSS, templates, images...) :

cp -aR ../atlas_old/static/custom/ ./static

• Relancez l'installation automatique de l'application :

./install_app.sh

• Relancer l'application

sudo supervisorctl restart atlas

Corrections

• Correction erreur d'import inutilisé dans initAtlas.py

Corrections

• Correction de l'installation autonome (sans GeoNature)
• Correction et documentation si l'atlas est accessible dans un sous-répertoire du domaine
• Correction d'une coquille dans le SQL. Merci @lpofredc

Nouveautés

• Passage de WSGI à Gunicorn pour simplifier et homogénéiser les serveurs Web des différentes applications (TaxHub, GeoNature...)
• Télécharger TAXREF sur geonature.fr et non plus sur le dépôt de TaxHub
• Amélioration du message par défaut sur la HOME pour les dernieres observations
• Optimisation de certaines requêtes
• Prise en compte du HTML dans le champs AUTEUR
• Ajout de picto pour les groupes Hépatiques et Anthocérotes
• Prise en compte des groupes INPN contenant des espaces
• TaxHub 1.3.2 permet de générer à la volée des vignettes des images. Ces vignettes sont désormais utilisables dans GeoNature-atlas pour éviter de charger des grandes images dans les listes de taxons. Pour cela un paramètre TAXHUB_URL a été ajouté (#129)
• Dans les versions précédentes seule une page statique PRESENTATION était disponible. Seul son contenu était modifiable. Les pages statiques sont désormais paramétrables (template, nom, picto et ordre) et il est possible d'en créer autant qu'on le souhaite en les listant dans le paramètre STATIC_PAGES (#131)
• Possibilité de customiser l'affichage des points et leur style en fonction des valeurs du champs voulu dans atlas.vm_observations. Pour cela, il faut renseigner le fichier de surcouche javascript static/custom/maps-custom.js (#133)
• Possibilité de customiser l'affichage et les valeur de la colonne Patrimonialité dans les listes de taxons, à l'aide du paramètre PATRIMONIALITE dans main/configuration/custom.py (#134)

Corrections

• Suppression d'un double appel à un fichier JS dans le template des fiches espèces (merci @sig-pnrnm)
• Correction d'un bug du slider et de la carte Leaflet dans Chrome (#109)
• Correction des jointures pour prévenir les caractères invisibles (#121, merci @mathieubossaert)
• Correction de l'affichage des singulers et pluriels en ajoutant des conditions (merci @Splendens)
• Amélioration, formatage et simplification de la gestion des paramètres dans le fichier de routes main/atlasRoutes.py
• Important nettoyage du code, factorisation et style

Notes de version

• Suivre la procédure standard de mise à jour
• Compléter le fichier de configuration (main/configuration/config.py) en ajoutant les nouveaux paramètres TAXHUB_URL et STATIC_PAGES, en se basant sur le fichier d'exemple main/configuration/config.py.sample.
• Compléter ce même fichier de configuration en adaptant le paramètre PATRIMONIALITE au nouveau fonctionnement. Pour un fonctionnement par défaut, vous pouvez copier le paramétrage par défaut (https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/blob/c27f15af3879d6f2664d0e3220dd32c52e5145df/main/configuration/config.py.sample#L165-L177)
• Pour que les modifications du fichier de configuration soient prises en compte, il faut désormais lancer sudo supervisorctl reload.
• Exécutez le script de mise à jour de la BDD data/update_1.2.6to1.3.0.sql après l'avoir analysé et lu ses commentaires
• Passage de WSGI à Gunicorn....
  Compléter le fichier main/configuration/settings.ini avec les parties Gunicorn settings et Python settings, en se basant sur le fichier d'exemple main/configuration/settings.ini.sample

  sudo apt-get install -y supervisor
  ./install_app.sh

Activer les modules et redémarrer Apache

    sudo a2enmod proxy
    sudo a2enmod proxy_http
    sudo apache2ctl restart

Supprimer le fichier atlas.wsgi si il est présent à la racine de l'application

Mettre à jour la configuration Apache de votre GeoNature-atlas (/etc/apache2/sites-available/atlas.conf) en remplacant son contenu (modifier le port en fonction) :

    # Configuration Geonature-atlas
    RewriteEngine  on
    RewriteRule    "atlas$"  "atlas/"  [R]
    <Location /atlas>
        ProxyPass  http://127.0.0.1:8080/
        ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8080/
    </Location>
    #FIN Configuration Geonature-atlas

• Reportez les modifications du template static/custom/templates/introduction.html en répercutant la nouvelle méthode d'obtention des templates des pages statiques : https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/blob/6d8781204ac291f11305cf462fb0c9e247f3ba59/static/custom/templates/introduction.html.sample#L15

• Modifier votre template static/custom/templates/presentation.html en répercutant la modification du nom du fichier CSS des pages statiques : https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/blob/6d8781204ac291f11305cf462fb0c9e247f3ba59/static/custom/templates/presentation.html.sample#L20