Proteína SSB
As proteínas SSB (single-stranded DNA binding proteins ou proteínas ligadoras de ADN monocatenario ou proteínas de unión á febra sinxela) son un conxunto de proteínas encargadas da estabilización do ADN monocatenario xerado pola acción das helicases durante a replicación do ADN, impedindo así que o ADN se renaturalice ou forme estruturas secundarias que impedisen ofuncionamento doutros encimas. Deste xeito o ADN pode servir de molde para a replicación da dobre hélice e evítase que sexa dixerido por nucleases.
As proteínas de tipo SSB son unha clase de proteínas que foron identificadas en virus e organismos procariotas e eucariotas desde as bacterias aos humanos. Os únicos organismos que se sabe que carecen delas son as arqueas extremófilas do grupo das Thermoproteales, nas cales foron desprazadas pola proteína ThermoDBP (Proteína de unión ao ADN específica de Thermoproteales, Thermoproteales-specific DNA Binding Protein). Mentres que moitas proteínas de unión ao ADN monocatenario de fagos e outros virus funcionan como monómeros e os eucariotas codifican a proteína heterotrímera RPA (Proteína de replicación A, Replication Protein A), na maioría das bacterias son tetrámeras, e a mellor caracterizada é a proteína tetrámera SSB da bacteria Escherichia coli.
SSB bacterianas
[editar | editar a fonte]| Proteína SSB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Estrutura cristalina da PriB, un proteína de replicación do ADN primosomal de Escherichia coli | |||||||||
| Identificadores | |||||||||
| Símbolo | SSB | ||||||||
| Pfam | PF00436 | ||||||||
| Pfam clan | CL0021 | ||||||||
| InterPro | IPR000424 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00602 | ||||||||
| SCOPe | 1kaw / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
| |||||||||
Os dominios proteicos SSB en bacterias son importantes para manter o metbolismo do ADN, concretamente a replicación do ADN, reparación do ADN e a recombinación.[1] Ten unha estrutura de tres follas beta a unha soa folla beta de seis febras e forma un dímero.[2] A proteína de unión ao ADN de febra sinxela (SSB) de E. coli é unha longa proteína de 178 aminoácidos, que se une as rexións de ADN monocatenario que se forman a replicación do ADN,[3] na reparación do ADN e na recombinación. Ademais de estabilizar este ADN monocatenario, as proteínas SSB únense a outras proteínas implicadas nestes procesos modulando a súa función.
SSB de Escherichia coli
[editar | editar a fonte]A proteína SSB de E. coli activa está composta por catro subunidades idénticas de 19 kDa. A unión dun ADN monocatenario ao tetrámero pode ocorrer de diferentes "modos", nos que a SSB ocupa diferentes cantidade de bases do ADN dependendo de diversos factores, como a concentración de sales. Por exemplo, o modo de unión (SSB)65, no cal aproximadamente 65 nucleótidos do ADN se envolven no tetrámero da SSB e toman contacto coas súas catro subunidades, está favorecido con altas concentracións salinas in vitro. A baixas concentracións de sales, tende a formarse o modo de unión (SSB)35, no cal uns 35 nucleótidos se unen a só dúas das subunidades da SSB. Cómpren máis investigacións para dilucidar as funcións dos diversos modos de unión in vivo.
SSB virais
[editar | editar a fonte]| Proteína SSB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Proteína SSB (icp8) do virus Herpes simplex 1 | |||||||||
| Identificadores | |||||||||
| Símbolo | Viral_DNA_bp | ||||||||
| Pfam | PF00747 | ||||||||
| InterPro | IPR000635 | ||||||||
| |||||||||
Aínda que a síntese do ADN do citomegalovirus humano (HHV-5) parece globalmente ser representativa dos Herpesvirus, tamén se descubriron algunhas características peculiares novas neste grupo.
Estrutura
[editar | editar a fonte]A proteína ICP8, que é a proteína SSB do virus Herpes simplex ten unha cabeza que consta de oito hélices alfa. A parte frontal da súa rexión pescozo consta de follas beta de cinco febras e dúas hélices alfa, mentres que a parte posterior é unha folla beta de tres febras. A parte que correspondería ao "ombreiro" do domnio N-terminal contén unha rexión en alfa hélice e folla beta.[4] A proteína SSB de HSV-1, ICP8, é unha proteína nuclear que, xunto con outras proteínas de replicación cómpre para a replicación do ADN viral durante a infección lítica.[4]
Mecanismo
[editar | editar a fonte]Seis xenes comúns do grupo dos herpesvirus codifican proteínas que probablemente constitúen a súa maquinaria da forquita de replicación, entre as que están unha ADN polimerase de dúas subunidades, un complexo helicase-primase e unha proteína SSB.[5] A proteína SSB do herpesvirus 1 humano (HHV-1) denominada ICP8 é unha metaloproteína con zinc de 128 kDa. Por etiquetaxe de fotoafinidade encontrouse que a rexión comprendida entre os residuos de aminoácidos 368 a 902 contén ao sitio de unión ao ADN monocatenario da ICP8.[6] Os xenes de HHHV-1 UL5, UL8, e UL52 codifican unha ADN helicase-primase heterotrímera esencial, que é responsable do desenrolamento do ADN concomitante e da síntese de cebadores na forquita de replicación do ADN viral. A ICP8 pode estimular o desenrolamento do ADN e permite sortear as zonas de ADN danado por cisplatino ao recrutar a helicase-primase no ADN.[7]
Notas
[editar | editar a fonte]- ↑ Meyer RR, Laine PS (December 1990). "The single-stranded DNA-binding protein of Escherichia coli". Microbiol. Rev. 54 (4): 342–80. PMC 372786. PMID 2087220.
- ↑ Raghunathan S, Ricard CS, Lohman TM, Waksman G (June 1997). "Crystal structure of the homo-tetrameric DNA binding domain of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein determined by multiwavelength x-ray diffraction on the selenomethionyl protein at 2.9-A resolution". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (13): 6652–7. PMC 21213. PMID 9192620. doi:10.1073/pnas.94.13.6652.
- ↑ Oakley, A.J. "Intramolecular binding mode of the C-terminus of Escherichia coli single-stranded DNA binding protein determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.".
- ↑ 4,0 4,1 Mapelli M, Panjikar S, Tucker PA (2005). "The crystal structure of the herpes simplex virus 1 ssDNA-binding protein suggests the structural basis for flexible, cooperative single-stranded DNA binding.". J Biol Chem 280 (4): 2990–7. PMID 15507432. doi:10.1074/jbc.M406780200.
- ↑ Anders DG, McCue LA (1996). "The human cytomegalovirus genes and proteins required for DNA synthesis". Intervirology 39 (5-6): 378–88. PMID 9130047.
- ↑ White EJ, Boehmer PE (October 1999). "Photoaffinity labeling of the herpes simplex virus type-1 single-strand DNA-binding protein (ICP8) with oligodeoxyribonucleotides". Biochem. Biophys. Res. Commun. 264 (2): 493–7. PMID 10529391. doi:10.1006/bbrc.1999.1566.
- ↑ Tanguy Le Gac N, Villani G, Boehmer PE (May 1998). "Herpes simplex virus type-1 single-strand DNA-binding protein (ICP8) enhances the ability of the viral DNA helicase-primase to unwind cisplatin-modified DNA". J. Biol. Chem. 273 (22): 13801–7. PMID 9593724. doi:10.1074/jbc.273.22.13801.
Véxase tamén
[editar | editar a fonte]Outros artigos
[editar | editar a fonte]Ligazóns externas
[editar | editar a fonte]- Single-Stranded DNA Binding Proteins Medical Subject Headings (MeSH) na Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.
- SSB in PFAM
