Nella stagione 2009-2010 lo Spezia, ritornato tra i professionisti, disputa il girone A del campionato di Lega Pro di Seconda Divisione, con 60 punti si piazza in seconda posizione alle spalle del Sudtirol, che vince il torneo con 63 punti e sale direttamente in Prima Divisione. Lo Spezia nella doppia semifinale Play-off supera il Pavia, nella doppia finale supera il Legnano e sale in Prima Divisione. Dopo il fallimento del 2008 e la ripartenza dalla Serie D, lo Spezia risale nel terzo livello del calcio nazionale. La seconda promozione consecutiva gli aquilotti l'anno ottenuta grazie al secondo posto in campionato, e superando le lombarde Pavia e Legnano nei Play-off. Protagonista della bella stagione bianconera, anche in questa categoria superiore, il piemontese Nunzio Lazzaro, che ha segnato ancora con continuità, e con 15 reti ha vinto la classifica marcatori del girone A, affiancato ad Andrea Cocco dell'Alghero. Nella stagione scorsa ne aveva realizzate 25 in Serie D, 7 con il Rivoli, dove aveva giocato la prima parte della stagione, e 18 con gli aquilotti. In questa stagione con il rientro dello Spezia tra i professionisti, i bianconeri hanno preso parte anche alla Coppa Italia maggiore, grazie alla scorsa promozione, ma sono stati subito eliminati dal Verona, che si è imposto (0-1) al Picco. Lo Spezia ha partecipato anche alla Coppa Italia di Lega Pro ma non ha superato l'ostacolo del girone E di qualificazione, che ha promosso Viareggio e Lucchese.