[go: nahoru, domu]

Idi na sadržaj

SNF8

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
SNF8
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2ZME, 3CUQ

Identifikatori
AliasiSNF8
Vanjski ID-jeviOMIM: 610904 MGI: 1343161 HomoloGene: 5239 GeneCards: SNF8
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za SNF8
Genomska lokacija za SNF8
Bend17q21.32Početak48,929,316 bp[1]
Kraj48,944,842 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za SNF8
Genomska lokacija za SNF8
Bend11 D|11 59.24 cMPočetak95,925,711 bp[2]
Kraj95,938,256 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija protein homodimerization activity
protein N-terminus binding
transcription factor binding
protein C-terminus binding
channel regulator activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta citoplazma
reciklirajući endosom
citosol
endozom
membrana
late endosome membrane
transcription regulator complex
ćelijska membrana
nukleoplazma
perinuklearno područje citoplazme
endosome membrane
Egzosom
jedro
ESCRT II complex
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process
multivesicular body sorting pathway
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
multivesicular body assembly
regulation of multivesicular body size involved in endosome transport
transcription, DNA-templated
endosomal transport
regulation of protein complex stability
GO:1901313 positive regulation of gene expression
early endosome to late endosome transport
endocytic recycling
GO:1903362 regulation of protein catabolic process
protein transport
regulation of MAP kinase activity
positive regulation of exosomal secretion
protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway
macroautophagy
regulation of molecular function
GO:0015915 transport
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_007241
NM_001317192
NM_001317193
NM_001317194

NM_033568
NM_001356362

RefSeq (bjelančevina)

NP_001304121
NP_001304122
NP_001304123
NP_009172

NP_291046
NP_001343291

Lokacija (UCSC)Chr 17: 48.93 – 48.94 MbChr 11: 95.93 – 95.94 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Vakuolni protein za sortiranje SNF8 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SNF8.[5][6][7]

SNF8, VPS25 i VPS36 formiraju ESCRT-II (endosomni kompleks za sortiranje potreban za transport II), kompleks koji je uključen u endocitozu ubikvitiniranih membranskih proteina. SNF8, VPS25 i VPS36 povezani su također u multiproteinskom kompleksu sa faktorom produženja RNK-polimeraze II.

Dužina polipeptidnog lanca je 258 aminokiselina, a molekulska težina 28.864.[8]

Aminokiselinska sekvenca

Simboli
1020304050
MHRRGVGAGAIAKKKLAEAKYKERGTVLAEDQLAQMSKQLDMFKTNLEEF
ASKHKQEIRKNPEFRVQFQDMCATIGVDPLASGKGFWSEMLGVGDFYYEL
GVQIIEVCLALKHRNGGLITLEELHQQVLKGRGKFAQDVSQDDLIRAIKK
LKALGTGFGIIPVGGTYLIQSVPAELNMDHTVVLQLAEKNGYVTVSEIKA
SLKWETERARQVLEHLLKEGLAWLDLQAPGEAHYWLPALFTDLYSQEITA
EEAREALP

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Schmidt et al. (1999) pročistili su kompleks koji sadrži Ell iz ekstrakata jetre pacova, a sekvenciranjem peptida i analizom baze podataka EST dobili su cDNK pune dužine koja kodira SNF8, koju su nazvali EAP30. Izvedeni protein sadrži 258 aminokiselina. Otkrili su da bi rekombinantni EAP30 mogao imati interakciju s rekombinantnim ELL in vitro i derepresirati inhibitornu aktivnost ELL protiv RNK-polimeraze II.[9]

Koristeći mišje proteine eksprimirane u ćelijama sisara i insekata, Kamura et. (2001) otkrili su da se Eap30 i Eap20 (VPS25) mogu koimunoprecipitirati u odsustvu Eap45 (VPS36), a da se Eap20 i Eap45 mogu koimunoprecipitirati u odsustvu Eap30. Međutim, mali Eap30 koimunoprecipitiran je sa Eap45 u odsustvu Eap20. Zaključili su da EAP20 premošćuje EAP30 i EAP45 i time nukleira sklop EAP kompleksa.[10]

Mapiranje

Međunarodni radijacijski konzorcij za mapiranje hibrida, mapirao je gen SNF8 na hromosom 17 (D17S1827).[11]

Životinjski model

[uredi | uredi izvor]
Fenotip nokaut-miša Pnpo
Svojstvo Fenotip
Vijabilnost homozigota Nenormalno
Studija recesivne letalnosti Nenormalno
Plodnost Normalno
Tjelesna težina Normalno
Test otvorenog polja: anksioznost Normalno
Neurološka procjena Normalno
Snaga stiska Normalno
Test vruće ploče Normalno
Dismorfologija Normalno
Indirektna kalorimetrija Normalno
Test tolerancije glukoze Normalno
Slušni odgovor moždanog stabla Normalno
DEXA Normalno
Radiografija Normalno
Tjelesna temperatura Normalno
Morfologija ika Normalno
Klinička hemija (nalaz) Normalno
Plazmatski imunoglobulini Normalno
Hematologija Normalno
Leukociti periferne krvi Normalno
Mikronukleus test Normalno
Težina srca Normalno
Histopatologija oka Normalno
Salmonella infekcija Normalno[12]
Citrobacter infekcija Normalno[13]
Svi testovi i analize su iz [14][15]

U proučavanju PNPO funkcije, korišteni su modelni organizmi. Uvjetna linija nokaut-miševa, zvana Pnpotm1a (KOMP) Wtsi,[16][17] generirana je kao dio programa Međunarosnog konzorcija za miševe – visokopropusnog projekta mutageneze za generiranje i distribuciju životinjskih modela bolesti zainteresiranim naučnicima.[18][19][20]

Muške i ženske životinje prolazile su standardizirani fenotipski skrining, kako bi se utvrdili efekti delecije.[14][21] Od 24 izvedena testa ina mutantnim miševima, uočene su dvije značajne abnormalnosti.[14] Tokom gestacije, nije utvrđen homozigotni mutantni embrion, pa tako nijedan nije preživio do odvikavanja. Preostali testovi su izvedeni na mutiranim heterozigotnim odraslim miševima; nisu opažene nikakve dodatne značajne abnormalnosti kod ovih životinja.[14]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000159210 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000006058 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Schmidt AE; Miller T; Schmidt SL; Shiekhattar R; Shilatifard A (Aug 1999). "Cloning and characterization of the EAP30 subunit of the ELL complex that confers derepression of transcription by RNA polymerase II". J Biol Chem. 274 (31): 21981–5. doi:10.1074/jbc.274.31.21981. PMID 10419521.
  6. ^ Hierro A; Sun J; Rusnak AS; Kim J; Prag G; Emr SD; Hurley JH (Sep 2004). "Structure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex". Nature. 431 (7005): 221–5. Bibcode:2004Natur.431..221H. doi:10.1038/nature02914. PMID 15329733. S2CID 4332050.
  7. ^ "Entrez Gene: SNF8 SNF8, ESCRT-II complex subunit, homolog (S. cerevisiae)".
  8. ^ "UniProt, Q96H20". Pristupljeno 12. 6. 2021.,
  9. ^ Schmidt, A. E., Miller, T., Schmidt, S. L., Shiekhattar, R., Shilatifard, A. Cloning and characterization of the EAP30 subunit of the ELL complex that confers derepression of transcription by RNA polymerase II. J. Biol. Chem. 274: 21981-21985, 1999. [PubMed]: 10419521
  10. ^ Kamura, T., Burian, D., Khalili, H., Schmidt, S. L., Sato, S., Liu, W.-J., Conrad, M. N., Conaway, R. C., Conaway, J. W., Shilatifard, A. Cloning and characterization of ELL-associated proteins EAP45 and EAP20: a role for yeast EAP-like proteins in regulation of gene expression by glucose. J. Biol. Chem. 276: 16528-16533, 2001. [PubMed]: 11278625
  11. ^ Slagsvold, T., Aasland, R., Hirano, S., Bache, K. G., Raiborg, C., Trambaiolo, D., Wakatsuki, S., Stenmark, H. Eap45 in mammalian ESCRT-II binds ubiquitin via a phosphoinositide-interacting GLUE domain. J. Biol. Chem. 280: 19600-19606, 2005. [PubMed]: 15755741
  12. ^ "Salmonella infection data for Pnpo". Wellcome Trust Sanger Institute.
  13. ^ "Citrobacter infection data for Pnpo". Wellcome Trust Sanger Institute.
  14. ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
  15. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  16. ^ "International Knockout Mouse Consortium". Arhivirano s originala, 3. 4. 2012. Pristupljeno 12. 6. 2021.
  17. ^ "Mouse Genome Informatics".
  18. ^ Skarnes, W. C.; Rosen, B.; West, A. P.; Koutsourakis, M.; Bushell, W.; Iyer, V.; Mujica, A. O.; Thomas, M.; Harrow, J.; Cox, T.; Jackson, D.; Severin, J.; Biggs, P.; Fu, J.; Nefedov, M.; De Jong, P. J.; Stewart, A. F.; Bradley, A. (2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
  19. ^ Dolgin E (2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
  20. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (2007). "A Mouse for All Reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
  21. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biol. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]